Avançando e aprimorando o método, adicionou ainda outros corantes denominados “contra-corantes”, tais como safranina e fucsina básica. As bactérias contidas no esfregaço podem ser classificadas como Gram-positivas (aproximadamente de cor roxa) ou Gram-negativas (aproximadamente de cor vermelha), isto dependerá da parede celular da bactéria. Se for estruturalmente simples a coloração será positiva, se for estruturalmente complexa a coloração será então negativa. Observe melhor na figura abaixo:


Existe um protocolo que se segue para fazer a coração de um esfregaço, com etapas bem definidas e com misturas de substâncias (solução de cristal violeta; solução de lugol (iodeto de potássio – IK); solução de safranina e solução de álcool) que resultarão na coloração positiva ou negativa, como nas figuras abaixo:

Esta coloração permite distinguir os mais variados tipos de bactérias e que tipo de parede celular elas tem (se mais simples ou mais complexas, com mais ou menos peptideoglicanos – principal componente da parede celular bacteriana). As bactérias que descorarem quando submetidas à um solvente orgânico são Gram-negativas, e as que permanecerem coradas mesmo quando em contato com o solvente são denominadas Gram-positivas.
Estas bactérias de diferentes colorações tem também graus diferentes de virulência. As Gram-negativas, por exemplo, são constituídas por uma endotoxina denominada LPS (lipopolissacarídeo), que é causadora da patogenicidade. Já as Gram-positivas possuem a exotoxina rica em ácido lipoprotéico que confere aderência à bactéria.